Bilgisayar Mühendisliği Doktora Programı, öğrencilere ileri düzeyde bilimsel araştırma yapma, alanındaki problemlere yenilikçi çözümler geliştirme ve akademik ya da sektörel alanda uzmanlaşma fırsatı sunan üst düzey bir lisansüstü eğitim programıdır.
Doktora programına başvurmak isteyen öğrencilerin, üniversitenin akademik ve yasal mevzuatında belirtilen şartları yerine getirmeleri ve YÖK tarafından belirlenen süreçleri başarıyla tamamlamaları gerekmektedir. Başvuru koşulları her akademik dönem öncesinde Lisansüstü Eğitim Enstitüsü’nün internet sitesinde yayımlanmaktadır. Ayrıca yurtiçinde veya yurtdışında eşdeğer bir programa kayıtlı olan öğrenciler gerekli şartları taşımaları durumunda yatay geçiş için başvuru yapabilmektedir. Başvurular, öğrencinin bireysel yeterlilikleri ve başvurduğu derece dikkate alınarak değerlendirilir.
Doktora programı, öğrencilere bağımsız araştırma yapabilme, bilimsel sorunları geniş bir bakış açısıyla analiz edebilme, yorumlayabilme ve yeni sentezlere ulaşabilme becerileri kazandırmayı amaçlamaktadır. Doktora programı, tezli yüksek lisans derecesi ile kabul edilmiş öğrenciler için toplam 21 krediden ve bir eğitim-öğretim yılı 60 AKTS’den az olmamak koşuluyla en az yedi ders, seminer, uzmanlık alan dersi, yeterlik sınavı, tez önerisi ve tez çalışması olmak üzere en az 240 AKTS kredisinden oluşmaktadır. Doktora programı, bilimsel hazırlıkta geçen süre hariç tezli yüksek lisans derecesiyle kabul edilenler için kayıt olduğu programa ilişkin derslerin verildiği dönemden başlamak üzere, her dönem için kayıt yaptırıp yaptırmadığına bakılmaksızın sekiz yarıyıl olup azami tamamlama süresi on iki yarıyıldır. Bu süre içinde kredili derslerini başarıyla tamamlayamayan veya Senato tarafından belirlenen en az genel not ortalamasını sağlayamayan öğrencinin enstitü ile ilişiği kesilmektedir.
Bilgisayar Mühendisliği Doktora Programını başarıyla tamamlayan öğrencilere Bilgisayar Mühendisliği Doktora Diploması verilir. Diploma ile birlikte Avrupa Komisyonu, Avrupa Konseyi ve UNESCO/CEPES tarafından geliştirilen standart modele dayanan bir Diploma Eki düzenlenmektedir. Bu ekte mezuniyet tarihi, diploma numarası, alınan derecenin düzeyi ve kapsamı ile üniversitenin eğitim-öğretim yapısı ve ulusal eğitim sistemi hakkında ayrıntılı bilgiler yer almaktadır. Programı başarıyla tamamlayan mezunlar, Bilgisayar Mühendisliği veya ilgili alanlarda gerekli nitelikleri sağlamaları hâlinde yurt içi ve yurt dışındaki üniversitelerin öğretim kadrolarına başvurabilmektedir. Ayrıca kamu kurumlarında yer alan araştırma kadrolarında görev alarak akademik veya araştırma odaklı kariyerlerine devam edebilirler.